Sultan Mehmed III sinh ra ở Manisa, ngày 26 tháng 5 năm 1566. Là con của vua Murad III và Safiye Sultana. Ông cố của ông là vua Suleyman I đặt tên cho ông là Mehmed, để mong ông sẽ dựng nên nghiệp lớn như vua Mehmed II. Mehmed có chiều cao trung bình và khuôn mặt đẹp đẽ. Ông được đặt một nền giáo dục rất tốt. Ông được dạy học bởi nhà giáo Hoca Saleddin Efendi uyên bác. Năm 1583, ông trở thành tỉnh trưởng Manisa. Ông là một người rất mộ đạo.